Хм, задумалась над серией "Башня".
Когда в конце Шеппард рассказывает, что его мол царицей соблазняли, но он не поддался (хотя и врал, гад, насчет не поддался), Элизабет явно восприняла это как шутку. А в следующей серии они внезапно перешли обратно на "Полковник Шеппард - доктор Вейр". Они с самых первых серий так официально друг к другу не обращались. Вывод: Элизабет узнала правду про соблазнявшую царицу, и они поругались